L'académie Honnōji, un lycée dans lequel règne la peur et la terreur. Celui ci est gouverné par le redoutable conseil des élèves, qui ont la particularité d'utiliser des uniformes Goku. Ces derniers leurs permettent d'être plus fort que n'importe qui, et d'écraser quiconque se dresse sur leur route. Ryūko Matoi est une fille qui transporte avec elle une moitié de ciseaux géant, et recherche le possesseur de l'autre moitié qui s'avère être l'assassin de son père. Dans le but de trouver le meurtrier, Ryūko rentre dans l'académie Honnōji pour y défier Satsuki Kiryūin, la présidente du conseil des élèves...