Aux confins de l'Amérique du Sud, en Terre de Feu, dans un dédale d'îlots et de récifs, les insulaires y ont à surmonter tant les combats titanesques entre deux océans grossis des puissants vents hurlants et rugissants que leurs dérisoires drames quotidiens. Parmi ces naturels ; des Pêcherais et des Patagons, un homme mystérieux, un Européen, a décidé de fuir la compagnie de ses semblables au nom de sa liberté, mais fait oeuvre de philanthropie auprès des indigènes qui le désignent depuis sur le nom de Kaw-djer : le Bienfaiteur. Cependant, en 1881, son ardant désir de liberté sera malmené par les ambitions politiques des pays voisins. C'est en voulant échapper à cette situation qu'il abhorre qu'il se trouvera conduit à venir en aide à un bâtiment en perdition. Les émigrants rescapés du naufrage seront appelés à fonder sur place, sur une des îles de l'archipel, non seulement une colonie nouvelle, mais une colonie libre. Par le jeu du destin, ce Kaw-jer en deviendra le chef, mais il aura à mettre ses convictions anarchistes à l'épreuve dans l'espoir incertain de sauver la colonie de l'anéantissement... Ce roman posthume de Jules Verne sera publié, sous le titre Les Naufragés du Jonathan, tout d'abord, dans le quotidien Le Journal du 26 juillet au 17 octobre 1909, puis dans la collection Hetzel des Voyages extraordinaires la même année. Cependant, le texte initial aura été revu par son fils, Michel Verne, qui adjoindra, sur deux volumes, de nombreux personnages et doublera le nombre de chapitres transformant profondément l'intrigue. Cette version d'En Magellanie corrige le texte manuscrit présenté au public en 1987 dans une version originale qui conservait les inexactitudes et les lacunes. La plupart des gravures de l'édition originale de 1909 ont été maintenues avec les chromotypographies de l'époque. De plus, nombre d'illustrations issues de relations de voyage publiées dans la revue Le Tour du Monde appuieront le texte de Jules Verne, lequel y avait puisé sa matière.